为保障专精特新产业学院的正常运行，建立“双委员会三部门五院所”三级管理制度，一级管理是双委员会即行政管理委员会和学术委员会，行政管理委员会负责专精特新产业学院的行政管理工作，主管1院，3中心和1平台的日常运行、人事任免和财务管理。学术委员会负责1院，3中心和1平台的学术管理工作，负责各种成果的审核和鉴定。二级管理是三部门即人事部、财务部和科研教研部，三级管理为五院所，即1院，3中心和1平台。